Ecological Archives E093-176-A1

Matthew R. Helmus and Anthony R. Ives. 2012. Phylogenetic diversity–area curves. Ecology 93:S31–S43. http://dx.doi.org/10.1890/11-0435.1

Appendix A. Phylogenetic tree for the Mt. Hood, Oregon, USA, data set.

(((((Abies_amabilis:77.380951,Abies_grandis:77.380966,Abies_lasiocarpa:77.380966,Abies_procera:77.380966)Abies:77.380951,Larix_occidentalis:154.761918,Picea_engelmannii:154.761918,
(Pinus_contorta:77.380959,Pinus_monticola:77.380959)Pinus:77.380959,Pseudotsuga_menziesii:154.761917,(Tsuga_heterophylla:77.380959,Tsuga_mertensiana:77.380959)Tsuga:77.380959)Pinaceae:77.380951,
((Chamaecyparis_nootkatensis:30.9524,Thuja_plicata:30.9524)Cupressaceae:61.904758,Taxus_brevifolia:92.857137):139.285706)Coniferales:92.857128,
((((((Grass_spp.:12,Agrostis_humilis:12,((Bromus_inermis:0.375,Bromus_spp.:0.375,Bromus_vulgaris:0.375)Bromus:4.875,Melica_spp.:5.25):6.75,
(Festuca_californica:6,Festuca_occidentalis:6,Festuca_spp.:6,Festuca_subulata:6)Festuca:6,Poa_spp.:12,Trisetum_canescens:12)Poaceae:60,
((Carex_geyeri:8,Carex_obnupta:8,Carex_spp.:8)Carex:16,(Juncus_spp.:16,(Luzula_campestris:8,Luzula_divaricata:8,Luzula_spp.:8)Luzula:8)Juncaceae:8):48)Poales:43.75,
((Piperia_unalascensis:71.333328,Calypso_bulbosa:71.333328,Cephalanthera_austiniae:71.333328,(Corallorhiza_maculata:35.666664,Corallorhiza_mertensiana:35.666664,
Corallorhiza_spp.:35.666664,Corallorhiza_striata:35.666664)Corallorrhiza:35.666664,Goodyera_oblongifolia:71.333328,Habenaria_spp.:71.333328,
(Listera_caurina:35.666664,Listera_cordata:35.666664,Listera_spp.:35.666664)Listera:35.666664,Platanthera_stricta:71.333328)Orchidaceae:35.666668,
((Brodiaea_spp.:7.133346,(Maianthemum_dilatatum:3.566673,Maianthemum_racemosum_ssp._racemosum:3.566673,Maianthemum_stellatum:3.566673)Maianthemum:3.566673)Asparagaceae:67.766666,
(Iris_chrysophylla:24.966667,Iris_tenax:24.96669,Iris_tenuis:24.96669)Iris:49.933334):32.099995)Asparagales:8.75):8.75,(Disporum_hookeri:96,
((Clintonia_uniflora:25.599994,Erythronium_montanum:25.599994,(Lilium_columbianum:12.799997,Lilium_spp.:12.799997,Lilium_washingtonianum:12.799997)Lilium:12.799997,
(Streptopus_amplexifolius:12.799997,Streptopus_lanceolatus_var._roseus:12.799997)Streptopus:12.799997)Liliaceae:32.000001,(Trillium_ovatum:38.400002,
(Veratrum_californicum:19.200003,Veratrum_viride:19.200003)Veratrum:19.200003,Xerophyllum_tenax:38.400005)Melanthiaceae:19.200001):38.400002)Liliales:28.5):8.75,
(Lysichitum_americanum:123.999996,Tofieldia_glutinosa:123.999996)Alismatales:9.25):27.75,(((((((((Lotus_spp.:31.999988,Lupinus_spp.:31.999996):24,
Lathyrus_polyphyllus:56,Trifolium_spp.:56,Vicia_spp.:56)Fabaceae:32.500004,((Amelanchier_alnifolia:50.666664,(Fragaria_spp.:25.333332,Fragaria_vesca:25.333332)Fragaria:25.333332,
Holodiscus_discolor:50.666664,Oemleria_cerasiformis:50.666664,Physocarpus_capitatus:50.666664,(Prunus_emarginata:25.333332,Prunus_spp:25.333332,Prunus_spp.:25.333332)Prunus:25.333332,
Rosa_gymnocarpa:50.666664,(Rubus_lasiococcus:25.333332,Rubus_nivalis:25.333332,Rubus_parviflorus:25.333332,Rubus_pedatus:25.333332,Rubus_spectabilis:25.333332,
Rubus_ursinus:25.333332)Rubus:25.333332,(Sorbus_scopulina:25.333332,Sorbus_sitchensis:25.333332,Sorbus_spp.:25.333332)Sorbus:25.333332)Rosaceae:25.333334,
Frangula_purshiana:76.000004)Rosales:12.5,(((Alnus_rubra:9.5,Alnus_viridis_ssp._sinuata:9.5)Alnus:9.5,Corylus_cornuta:19)Betulaceae:28.5,
Chrysolepis_chrysophylla_var._chrysophylla:47.5):41):9.5,((Hypericum_spp.:81,(Viola_glabella:20.25,Viola_orbiculata:20.25,Viola_sempervirens:20.25)Viola:60.75)Malpighiales:8.5,
(Paxistima_myrsinites:38,Parnassia_fimbriata:38.000001):51.5,Oxalis_oregana:89.499999):8.5)eurosid1:7.666664,(Chamerion_angustifolium_ssp._angustifolium:36,
Circaea_alpina:36,Epilobium_minutum:36)Onagraceae:69.666664,(Cardamine_pulcherrima:95.000004,(Toxicodendron_diversilobum:61,
(Acer_circinatum:18,Acer_glabrum:18,Acer_macrophyllum:18)Acer:43)Sapindales:34)eurosid2:10.666664)rosid:15.333339,
(Sedum_spp.:110.999993,((Ribes_lacustre:12.333335,Ribes_lobbii:12.333335,Ribes_sanguineum:12.333335,Ribes_spp.:12.333335,Ribes_viscosissimum:12.333335)Ribes:24.666666,
(Heuchera_micrantha:24.666668,(Mitella_breweri:12.333334,Mitella_pentandra:12.333334,Mitella_spp.:12.333334)Mitella:12.333334,
(Saxifraga_mertensiana:12.333334,Saxifraga_odontoloma:12.333334)Saxifraga:12.333334,Tellima_grandiflora:24.666668,
(Tiarella_trifoliata:12.333334,Tiarella_trifoliata_var._unifoliata:12.333334)Tiarella:12.333334,Tolmiea_menziesii:24.666668)Saxifragaceae:12.333333):74)Saxifragales:10)subrosid:3,
((((Allotropa_virgata:14.666666,Arctostaphylos_nevadensis:14.666666,(Chimaphila_menziesii:7.333333,Chimaphila_umbellata:7.333333)Chimaphila:7.333333,
(Gaultheria_ovatifolia:7.333333,Gaultheria_shallon:7.333333)Gaultheria:7.333333,Hemitomes_congestum:14.666666,Menziesia_ferruginea:14.666666,Moneses_uniflora:14.666666,
(Monotropa_hypopithys:7.333333,Monotropa_uniflora:7.333333)Monotropa:7.333333,Orthilia_secunda:14.666666,Pterospora_andromedea:14.666666,
(Pyrola_asarifolia:7.333333,Pyrola_picta:7.333333)Pyrola:7.333333,(Rhododendron_albiflorum:7.333333,Rhododendron_macrophyllum:7.333333)Rhododendron:7.333333,
(Vaccinium_alaskaense:7.333333,Vaccinium_membranaceum:7.333333,Vaccinium_ovalifolium:7.333333,Vaccinium_parvifolium:7.333333,
Vaccinium_scoparium:7.333333)Vaccinium:7.333333)Ericaceae:67.833333,Trientalis_borealis_ssp._latifolia:82.5):8.75,
(Gilia_capitata:30.416668,Polemonium_spp.:30.416668)Polemoniaceae:60.833333):25.75,(((Synthyris_reniformis:42.250001,
(Clinopodium_douglasii:28.166668,Prunella_vulgaris:28.166668,(Stachys_chamissonis_var._cooleyae:14.083334,Stachys_mexicana:14.083334,Stachys_rigida:14.083334,
Stachys_spp.:14.083334)Stachys:14.083334)Lamiaceae:14.083333,(Castilleja_spp.:28.166668,(Pedicularis_racemosa:14.083334,
Pedicularis_spp.:14.083334)Pedicularis:14.083334)Orobanchaceae:14.083333,Mimulus_guttatus:42.250001,(Nothochelone_nemorosa:28.166668,
Penstemon_serrulatus:28.166668)Plantaginaceae:14.083333):55.083336,((Apocynum_androsaemifolium:57.75,Gentiana_calycosa:57.75):13.25,
(Galium_aparine:23.666668,Galium_oreganum:23.666668,Galium_triflorum:23.666668)Galium:47.333334)Gentianales:26.333336,
((Hydrophyllum_spp.:32.444435,Hydrophyllum_tenuipes:32.444435)Hydrophyllum:32.444435,(Mertensia_ciliata:32.444435,
Mertensia_spp.:32.444435)Mertensia:32.444435,(Nemophila_parviflora:32.444435,Nemophila_spp.:32.444435)Nemophila:32.444435,
Plagiobothrys_figuratus:64.88887)Boraginaceae:32.444447):14.666667,(((Eurybia_radulina:12,Achillea_millefolium:12,Adenocaulon_bicolor:12,
Anaphalis_margaritacea:12,(Arnica_cordifolia:6,Arnica_discoidea:6,Arnica_latifolia:6)Arnica:6,Hieracium_albiflorum:12,
Lactuca_spp.:12,Mycelis_muralis:12,Packera_bolanderi_var._bolanderi:12,Petasites_frigidus:12,(Senecio_jacobaea:6,Senecio_sylvaticus:6,
Senecio_triangularis:6)Senecio:6,Stephanomeria_paniculata:12)Asteraceae:78,Campanula_scouleri:90)Asterales:8.5,(Sambucus_racemosa:81,
(Linnaea_borealis:36,(Lonicera_ciliosa:18,Lonicera_conjugialis:18,Lonicera_spp.:18)Lonicera:18,Plectritis_spp.:36,(Symphoricarpos_albus:18,
Symphoricarpos_mollis:18)Symphoricarpos:18,Valeriana_sitchensis:36)Caprifoliaceae:45)Dipsacales:17.5,
((Cicuta_douglasii:16.333332,Heracleum_maximum:16.333332,Ligusticum_spp.:16.333332,(Osmorhiza_berteroi:8.166666,
Osmorhiza_purpurea:8.166666,Osmorhiza_spp.:8.166666)Osmorhiza:8.166666)Apiaceae:20.416668,Oplopanax_horridum:36.75):61.75):13.5)euasterid1n2:5,
((Cornus_canadensis:16,Cornus_nuttallii:16,Cornus_sericea_ssp._sericea:16)Cornus:66.5,Philadelphus_lewisii:82.5):34.5)asterid:7,
((Claytonia_sibirica_var._sibirica:50.400009,(Moehringia_macrophylla:16.800012,Stellaria_media:16.800012)Caryophyllaceae:33.599999):25.200001,
Polygonum_achoreum:75.600002):48.400002)ber2ast:23,(((Achlys_triphylla:24.111113,(Mahonia_aquifolium:12.055565,
Mahonia_nervosa:12.055565)Mahonia:12.055565,Vancouveria_hexandra:24.11113)Berberidaceae:12.055556,
(Aconitum_columbianum:24.111112,Actaea_rubra:24.11113,(Anemone_deltoidea:12.055565,Anemone_lyallii:12.055565,
Anemone_oregana:12.055565)Anemone:12.055565,Aquilegia_formosa:24.11113,(Caltha_leptosepala_ssp._howellii:12.055565,
Caltha_palustris_var._palustris:12.055565)Caltha:12.055565,Cimicifuga_laciniata:24.11113,Coptis_laciniata:24.11113,(Thalictrum_fendleri:12.055565,
Thalictrum_occidentale:12.055565,Thalictrum_spp.:12.055565)Thalictrum:12.055565,(Trautvetteria_caroliniensis:12.055565,
Trautvetteria_caroliniensis_var._occidentalis:12.055565)Trautvetteria:12.055565)Ranunculaceae:12.055556):103.833332,
(Corydalis_scouleri:31.1111,Dicentra_formosa:31.111099)Papaveraceae:108.888893)Ranunculales:7)eudicot:7,
Asarum_caudatum:154)chl2ast:7)monocotneudicot:164)seedplant:75,(Equisetum_spp.:200,(Polypodium_glycyrrhiza:33.33334,
Polypodium_spp:33.33334)Polypodium:166.666664):200)euphyllophyte;
 
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FigA1tree
 
FIG. A1. Phylomatic phylogeny of the Mt. Hood species.

 


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